Deux hameaux sont rattachés à la commune de Congis-sur-Thérouanne : Villers-les-Rigault et Le Gué-à-Tresmes.

Villers-les-Rigault

Au sud de Congis-sur-Thérouanne, Villers-les-Rigault, ancienne paroisse et commune distincte, fut réuni à Congis par décret impérial le 31 mai 1807.
Villers-les-Rigault possède une usine élévatoire qui permet de remonter l’eau de la Marne vers le Canal de l’Ourcq.

Le Gué-à-Tresmes

Au nord-ouest du village, Le Gué-à-Tresmes est situé sur la rive nord de la Thérouanne. Ce hameau a failli en 1791 être rattaché à Trocy, mais suite à une protestation des habitants de Congis-sur-Thérouanne, il est resté lié à la commune.
Le Gué-à-Tresmes possède un château construit en 1775.